马来西亚在QS排名中位于第1000以内的大学有：
马来西亚北方大学，排名第538位
玛拉工艺大学，排名第555位
英迪国际大学，排名第556位
双威大学，排名第586位
亚太科技大学APU，排名第621-630位
管理与科学大学，排名第621-630位
马来西亚国际伊斯兰大学IIUM，排名第711-720位
国家能源大学，排名第761-770位
马来西亚彭亨大学，排名第781-790位
马来西亚拉曼大学，排名第801-850位
Pendidikan苏丹伊德里斯大学UPSI，排名第951-1000位
