当前中国拥有微生物专业的一些知名大学包括：
复旦大学：
遗传学方面特别突出，有遗传工程国家重点实验室，是国家重点学科。
武汉大学：
拥有微生物学系，病毒学系，细胞与发育生物学系等，并建有病毒学国家重点实验室。
中山大学：
设有微生物分子生物学与生物技术等专业。
中国科学技术大学：
微生物学专业在遗传、代谢、病原微生物学等多个方向有深入研究。
北京大学：
微生物学专业设置齐全，研究方向丰富多样。
清华大学：
微生物学专业在研究领域丰富，实验条件良好。
华中农业大学：
在农业院校的微生物学专业中表现突出。
南开大学：
在微生物学领域也有一定的研究实力。
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