东京市区内有多所著名的大学，以下是部分知名大学的列表：
国立大学
东京大学：日本最顶尖的综合性国立大学，位于文京区。
筑波大学：位于筑波市，虽不在东京市内，但属于东京都范围。
东京工业大学：专注于科学技术领域的国立大学，位于新宿区。
东京医科齿科大学：位于新宿区，是日本著名的医学教育机构。
东京外国语大学：位于新宿区，是日本顶尖的语言类国立大学。
东京国立美术音乐大学：位于上野公园附近，专注于艺术和音乐教育。
东京农业科技大学：位于八王子市，是一所重点在农业科学领域的国立大学。
东京海洋科技大学：位于台场，专注于海洋科学研究。
私立大学
早稻田大学：位于新宿区，是日本历史悠久且享有盛誉的私立大学。
庆应义塾大学：位于新宿区，是日本顶尖的私立综合性大学之一。
明治大学：位于千代田区，是日本著名的私立综合性大学，以就业教育著称。
中央大学：位于新宿区，是一所历史悠久的私立大学。
立教大学：位于新宿区，是一所注重基督教人文主义的私立大学。
上智大学：位于千代田区，是一所提供基督教人文主义教育的私立大学。
青山学院大学：位于涩谷区，是一所提供全面职业规划支持的私立综合性大学。
以上信息包含了东京市区内的一些著名大学，每所大学都有其独特的特色和优势学科。
