国内设有日本研究所的学校包括但不限于以下几所：
南开大学- 拥有南开日本研究院，包括日本历史文化、日本经济、日本政治及对外关系三个研究部。
复旦大学- 设有复旦大学日本研究中心。
北京大学- 拥有北京大学日本研究中心和东北亚研究所。
北京外国语大学- 设有北京日本学研究中心。
清华大学- 未具体提及，但清华大学作为国内顶尖综合性大学，有可能设有相关研究机构。
东北师范大学- 除了历史系外，还有日本研究所。
浙江大学- 未具体提及，但浙江大学作为一所重点大学，也有可能设有相关研究机构。
厦门大学- 未具体提及，但厦门大学作为一所重点大学，也有可能设有相关研究机构。
山东大学和同济大学- 也被提及，但没有具体说明是否设有日本研究所。
中国海洋大学- 未具体提及，但作为一所重点大学，也有可能设有相关研究机构。
请注意，以上信息可能不全面，具体情况建议直接咨询相关学校获取最新数据
